针对mRNA进行测序和分析。可用于：
结构分析：如从头构建转录本、优化已有基因结构、发现新基因、发现新转录本、发现融合基因、鉴定RNA编辑、检测变异；
表达分析：如基因在各个样本中的表达定量、样品间差异表达基因鉴定、基于时间序列的表达分析；
功能挖掘：针对结构分析和表达分析结果进行功能的挖掘，具体方法包括PCA分析、表达模式聚类、共表达网络构建、富集分析等。
Dual rna-seq：同时研究多个互作物种
Dual rna-seq主要针对物种间互作研究，能同时对2个（或多个）物种进行测序和分析，从而揭示互作物种间基因表达的动态变化。
可用于：无任何物理分离的副作用且能同时分析互作物种间转录水平的变化，研究互作过程中的调控网络、病原菌感染宿主致病机理和宿主抗病的机制；
研究致病性菌在不同物种之间的进化关系、基于同源基因进一步发掘正选择相关基因等。
